Home
Luận văn - báo cáo
Khoa học tự nhiên
Xây dựng phương pháp phát hiện microsatellite đối với cây xoài từ nguồn cơ sở dữ liệu EST hiện có, cho phép tạo ra công cụ phân tích, nhận diện, so sánh các giống xoài
Xây dựng phương pháp phát hiện microsatellite đối với cây xoài từ nguồn cơ sở dữ liệu EST hiện có, cho phép tạo ra công cụ phân tích, nhận diện, so sánh các giống xoài
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
************
KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP
P
PH
HÁ
ÁT
T
H
HI
IỆ
ỆN
N
M
MA
AR
RK
KE
ER
R
M
MI
IC
CR
RO
OS
SA
AT
TE
EL
LL
LI
IT
TE
E
T
TỪ
Ừ
C
CƠ
Ơ
S
SỞ
Ở
D
DỮ
Ữ
L
LI
IỆ
ỆU
U
T
TR
RÌ
ÌN
NH
H
T
TỰ
Ự
E
ES
ST
T
(
(E
Ex
xp
pr
re
es
ss
se
ed
d
S
Se
eq
qu
ue
en
nc
ce
e
T
Ta
ag
gs
s)
)
C
CỦ
ỦA
A
C
CÂ
ÂY
Y
X
XO
OÀ
ÀI
I
(
(M
Ma
an
ng
gi
if
fe
er
ra
a
i
in
nd
di
ic
ca
a)
)
Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Niên khóa: 2002-2006
Sinh viên thực hiện: NGUYỄN MINH HIỀN
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 8/2006
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
************
P
PH
HÁ
ÁT
T
H
HI
IỆ
ỆN
N
M
MA
AR
RK
KE
ER
R
M
MI
IC
CR
RO
OS
SA
AT
TE
EL
LL
LI
IT
TE
E
T
TỪ
Ừ
C
CƠ
Ơ
S
SỞ
Ở
D
DỮ
Ữ
L
LI
IỆ
ỆU
U
T
TR
RÌ
ÌN
NH
H
T
TỰ
Ự
E
ES
ST
T
(
(E
Ex
xp
pr
re
es
ss
se
ed
d
S
Se
eq
qu
ue
en
nc
ce
e
T
Ta
ag
gs
s)
)
C
CỦ
ỦA
A
C
CÂ
ÂY
Y
X
XO
OÀ
ÀI
I
(
(M
Ma
an
ng
gi
if
fe
er
ra
a
i
in
nd
di
ic
ca
a)
)
Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện:
TS. BÙI MINH TRÍ NGUYỄN MINH HIỀN
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 8/2006
iii
LỜI CẢM TẠ
Xin gửi lòng biết ơn sâu sắc đến ba mẹ và gia đình đã hết lòng hỗ trợ, động viên về
mọi mặt để tôi hoàn thành đề tài.
Tôi xin cảm ơn
- Ban Giám hiệu trƣờng Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh
- Ban Giám đốc Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Trƣờng Đại học Nông Lâm
Thành phố Hồ Chí Minh
- Ban chủ nhiệm Bộ Môn Công nghệ Sinh học cùng toàn thể Quý Thầy Cô đã
truyền đạt kiến thức cho tôi trong suốt quá trình học tập tại trƣờng.
Tôi xin gửi lòng biết ơn sâu sắc đến
TS. Bùi Minh Trí
Đã tận tình hƣớng dẫn tạo điều kiện tốt nhất cho tôi trong suốt quá trình
thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn tốt nghiệp này.
Tôi chân thành cảm ơn đến:
- Thầy Lƣu Phúc Lợi
- Các anh chị đang làm việc tại Trung tâm Phân tích Hóa Sinh
- Các bạn trong lớp CNSH28
Đã giúp đỡ, hỗ trợ, động viên, chia sẻ những buồn vui trong suốt thời gian tôi
thực tập và thực hiện đề tài.
Tp. Hồ Chí Minh tháng 08 năm 2006
Sinh viên thực hiện
Nguyễn Minh Hiền
iv
TÓM TẮT
NGUYỄN MINH HIỀN, Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh. Tháng 8/2006.
“PHÁT HIỆN MARKER MICROSATELLITE TỪ CƠ SỞ DỮ LIỆU TRÌNH TỰ
EST (Expressed Sequence Tags) CỦA CÂY XOÀI (Mangifera indica)”.
Giảng viên hƣớng dẫn:
TS. BÙI MINH TRÍ
Thời gian nghiên cứu: từ tháng 2 đến tháng 7 năm 2006
Địa điểm nghiên cứu: Trung tâm Phân tích Thí Nghiệm - trƣờng Đại học Nông
Lâm TP. Hồ Chí Minh
Hiện nay với sự phát triển của khoa học kỹ thuật cùng với sự kết hợp liên thông
giữa các ngành khoa học đã mở ra những thuận lợi to lớn cho việc nghiên cứu và phát
triển. Tin sinh học – một ngành khoa học mới ra đời với mục đích hỗ trợ, cung cấp
thông tin dữ liệu sẽ là một công cụ hữu ích giúp giải quyết những vấn đề khó khăn
trong nghiên cứu sinh học trên thực tế.
Cây xoài là loại cây ăn quả nhiệt đới quan trọng ở Việt Nam có giá trị kinh tế
cao. Chính vì thế việc xác định các giống xoài, phân tích sự đa dạng di truyền, lập bản
đồ các gen trong bộ gen là mục tiêu hiện nay. Với các ƣu điểm của một marker rất hữu
dụng trong nghiên cứu di truyền, chúng tôi đã tiến hành xây dựng phƣơng pháp phát
hiện marker microsatellite từ nguồn cơ sở dữ liệu EST hiện có.
Phƣơng pháp: chúng tôi đã sử dụng các chƣơng trình Perl est_trimmer.pl,
misa.pl, phần mềm BioEdit với công cụ CAP contig assembly program, phần mềm
Primer3 và gói công cụ ssrfinder_1_0.
Kết quả đạt đƣợc:
Tải đƣợc các trình tự EST của cây xoài có trong nguồn cơ sở dữ liệu của
NCBI
Xác định đƣợc 267 microsatellite bao gồm các dạng dinucleotide
(4.12%), trinucleotide (95.51%) và tetranucleotide (0.37%)
Xác định vùng bảo tồn và thiết kế primer cho 6 loại microsatellite là các
loại microsatellite sau CAA, CCA, CAT, TCA, TCT, TGA
v
SUMMARY
HIEN NGUYEN MINH, Nong Lam University, Ho Chi Minh City. August, 2006.
“DEVELOPMENT OF MICROSATELLITE MARKER FROM EST (Expressed
Sequence Tags) SEQUENCE DATABASE OF MANGO TREE (Mangifera indica)”.
Supervisor:
Dr. TRI BUI MINH
The research was carried out at the Chemical and Biological Analysis and
Experiment Center at Nong Lam University.
Nowadays the development of science and technology together with the
combination of different research field have created great advantages for research.
Bioinformatics – a new field that support speed up information processing will be an
useful tool to deal with problems in biology research.
Mango tree is an important tropical fruit tree in Vietnam, it has high economic
value. Therefore the identification of mango genus, the analysis of genetic diversity,
gene mapping are the current goal. Because of useful marker, our objective is to
develop an in-silico method in order to identify microsatellite marker from EST
database.
Methodology: we used Perl scripts such as est_trimmer.pl, misa.pl, BioEdit
software with CAP contig assembly program, Primer3 software and the package tool –
ssrfinder_1_0.
Result:
Download EST sequences from NCBI database
Identify 267 microsatllite include dinucleotide (4.12%), trinucleotide
(95.51%) and tetranucleotide (0.37%)
Identify consensus region and design primer for 6 sorts: CAA, CCA,
CAT, TCA, TCT, TGA.
vi
MỤC LỤC
CHƢƠNG TRANG
Trang tựa
Lời cảm tạ ......................................................................................................................iii
Tóm tắt ..........................................................................................................................iv
Summary .........................................................................................................................v
Mục lục ..........................................................................................................................vi
Danh sách các chữ viết tắt ..............................................................................................x
Danh sách các bảng ......................................................................................................xi
Danh sách các hình .......................................................................................................xii
1. MỞ ĐẦU ....................................................................................................................1
1.1. Đặt vấn đề ..........................................................................................................1
1.2. Mục đích và yêu cầu ..........................................................................................1
1.2.1. Mục đích ....................................................................................................1
1.2.2. Yêu cầu ......................................................................................................2
1.3. Giới hạn .............................................................................................................2
2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ...........................................................................................3
2.1. Giới thiệu về tin sinh học ..................................................................................3
2.1.1. Định nghĩa .................................................................................................3
2.1.2. Mối quan hệ giữa sinh học và tin học ........................................................3
2.1.3. Tầm quan trọng của tin sinh học ...............................................................4
2.1.4. Mục tiêu của tin sinh học ..........................................................................5
2.1.5. Vai trò của tin sinh học ..............................................................................5
2.1.6. Một số bài toán lớn trong tin sinh học .......................................................6
2.2. Khái quát về dữ liệu trình tự ..............................................................................7
2.2.1. Lịch sử .......................................................................................................7
2.2.2. Một số cơ sở dữ liệu trên thế giới ..............................................................8
2.2.2.1. NCBI .................................................................................................8
2.2.2.2. EBI .....................................................................................................8
có thể bạn quan tâm
Nghiên cứu nguồn nhân lực tại Hà Nội và phân tích vai trò của nó trong...
27
1.066
440
Kinh tế quản lý
27
(New)
Nghiên cứu đa dạng di truyền của các chủng loại xoài khác nhau và tạo...
72
1.014
450
Khoa học tự nhiên
72
(New)
Những vấn đề cơ bản về nguồn nhân lực ở Việt Nam, thực trạng của nguồn...
19
1.485
484
Kinh tế quản lý
19
(New)
Luận văn: CT CP Lắp máy và Xây dựng Điện và phân tích thực trạng đánh...
89
1.200
474
Kinh tế quản lý
89
(New)
Khóa luận tốt nghiệp: Công tác Tuyển dụng, Đào tạo và phát triển nguồn...
95
6.155
1.418
Kinh tế quản lý
95
(New)
Phương hướng và những giải pháp cơ bản nhằm đẩy nhanh quá trình phát t...
33
1.270
530
Kinh tế - Thương mại
33
(New)
Đề tài: vận dụng lý luận và phương pháp luận về xây dựng chiến lược ki...
77
1.194
446
Kinh tế quản lý
77
(New)
Nghiên cứu khả năng nhân giống nhanh cây Trai in vitro nhằm cung cấp n...
77
1.105
532
Khoa học tự nhiên
77
(New)
thông tin tài liệu
Sự kết hợp, liên thông giữa các ngành giúp cho khoa học có những bƣớc phát
triển mới. Trong thời đại khoa học kỹ thuật ngày nay, sự kết hợp giữa các ngành lại
với nhau là rất cần thiết. Không một ngành khoa học nào có thể phát triển mà không
cần sự hỗ trợ của ngành khác. Bioinformatics hay tin sinh học là một ví dụ rất điển
hình của sự liên kết này và kết quả đạt đƣợc từ ngành khoa học này là rất khả quan.
Theo NCBI (National Center for Biotechnology Information – Trung Tâm
Thông Tin Quốc gia về Công Nghệ Sinh Học) tin sinh học là sự kết hợp giữa công
nghệ sinh học và công nghệ thông tin với mục tiêu giúp hiểu biết và khám phá những
nguyên lý trong sinh học.
Mở rộng để xem thêm
tài liệu mới trong mục này
Tạo chủng Rhodococcus opacus B4 có biểu hiện của enzyme n- alkane monooxygenase tăng so với dòng chƣa biến nạp, bằng cách tạo plasmid chứa gene alkB1/alkB2 rồi chuyển plasmid đó vào R. opacus B4
Khảo sát tỉ lệ nhiễm Coliforms và E. coli trong nƣớc uống, nước giải khát có gas, nước uống có cồn đang lƣu hành trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh.
Sản xuất được chế phẩm diệt ruồi hiệu quả mà không gây độc đối với con ngƣời và thân thiện với môi trường
Nghiên cứu mới để bảo vệ vi khuẩn probiotic và nâng cao giá trị của sữa chua về chỉ tiêu vi sinh vật.
Sản xuất kháng thể thỏ kháng ovalbumin và tinh chế kháng thể (IgG) kháng ovalbumin
tài liệu hot trong mục này
Tiểu luận: Chân dung, hình ảnh nhận thức khi tới thăm bảo tàng chứng tích chiến tranh
Tiểu luận: Nem chua và các yếu tố cấu thành lên nem chua
ÁP DỤNG KĨ THUẬT REAL-TIME PCR SỬ DỤNG DISPLACING PROBE ĐỂ CHẨN ĐOÁN VIRUS HBV KHÁNG THUỐC LAMUVIDINE Ở BỆNH NHÂN VIÊM GAN SIÊU VI B
Tổng quan về nguyên liệu tôm, tôm chua
NGHIÊN CỨU VẮC-XIN PHÒNG BỆNH THAN DO VI KHUẨN Bacillus anthracis
tài liệu giúp tôi
Nếu bạn không tìm thấy tài liệu mình cần có thể gửi yêu cầu ở đây để chúng tôi tìm giúp bạn!
Toán lớp 1 Tiếng Anh lớp 1 Toán lớp 2 Tiếng Anh lớp 2 Toán lớp 3 Tiếng Anh lớp 3 Toán lớp 4 Tiếng Anh lớp 4 Toán lớp 5 Tiếng Anh lớp 5
Toán lớp 6 Tiếng Anh lớp 6 Toán lớp 7 Tiếng Anh lớp 7 Toán lớp 8 Tiếng Anh lớp 8 Toán lớp 9 Tiếng Anh lớp 9
Toán lớp 10 Tiếng Anh lớp 10 Toán lớp 11 Tiếng Anh lớp 11 Toán lớp 12 Tiếng Anh lớp 12
×
